I co udało się coś wybrać?
Bo też jakiś czas temu mieliśmy podobny dylemat i ostatecznie zdecydowaliśmy się na zestaw od eurocert, czyli konkretnie ten tutaj
https://www.eurocert.pl/ (zakładka podpis elektroniczny, tam masz specyfikację).
Korzystanie z podpisu elektronicznego porównałbym do załączania maila w programie pocztowym. Uruchamiasz soft, wskazujesz na dysku plik do podpisu, wpisujesz pin i tyle.